Een van de belangrijkste objecten in de Liberna Collection is de uitgebreide Topografische Atlas – een verzameling losse en gebonden topografische kaarten van Nederland. Deze bevat kaarten op veel verschillende schalen: van plattegronden van gebouwen en stads- en tuinplattegronden tot plattegronden van veldslagen, zoals Het beleg van Breda van Jacques Callot. Een hoogtepunt van deze collectie is de oudste kaart van Amsterdam, gemaakt door Cornelis Anthonisz. (ca. 1505-1553) in 1544. Deze indrukwekkende kaart is gedrukt met twaalf verschillende houtblokken en meet meer dan 1 x 1 meter. De kaart toont Amsterdam vanuit vogelperspectief, dus (schuin) van boven. De stad wordt daarop nog steeds omringd door de middeleeuwse stadsmuur. Hoewel Amsterdam in de eeuwen daarna enorm werd uitgebreid, is er veel te zien dat ook nu nog bestaat. De Singel (middeleeuwse vestinggracht) en de Oude en Nieuwe Kerk waren bijvoorbeeld al in de 16de eeuw in Amsterdam te vinden.