Eines der Hauptobjekte der Liberna Collection ist der umfangreiche Topografische Atlas – eine Sammlung loser und gebundener topografischer Karten der Niederlande. Dazu gehören Karten in vielen verschiedenen Maßstäben: von Gebäudeplänen über Stadt- und Gartenpläne bis hin zu Schlachtplänen, etwa Jacques Callots Belagerung von Breda. Ein Höhepunkt dieses Konvoluts ist die älteste Karte von Amsterdam, die Cornelis Anthonisz (ca. 1505−1553) im Jahr 1544 angefertigt hat. Diese beeindruckende Karte ist mit zwölf verschiedenen Holzblöcken gedruckt und misst mehr als 1 x 1 Meter. Die Karte zeigt Amsterdam aus der Vogelperspektive, also (schräg) von oben. Die Stadt ist immer noch von ihrer mittelalterlichen Stadtmauer umgeben. Obwohl sich Amsterdam in den folgenden Jahrhunderten enorm vergrößert hat, ist vieles zu erkennen, was sogar heute noch besteht. So sind beispielsweise der Singel (mittelalterlicher Festungsgraben) sowie die Oude und die Nieuwe Kerk bereits im sechzehnten Jahrhundert in Amsterdam zu finden.